이 사찰은 대한불교조계종 제12교구인 해인사(海印寺)의 말사(末寺)로서 1912년에 벽송사 주지스님 김동운(金東雲)화상이 건립하였다.
1929년 관내 6개 사찰(영원사, 법화사, 실상사, 용추사, 벽송사)이 연합 운영하면서 포교(布敎)사업으로 유치원(幼稚園)을 운영한 바 있으며, 1970년 조영산 화상이 부임하여 보림사(寶林寺)라 개칭하여 현재에 이르고 있다.
1971년 본 사찰을 개축하고 1972년에는 불교회관을 건립하였으며, 함양읍 시가지 중심부에 위치하고 있어 포교활동을 통한 불교 진흥에 크게 기여하고 있는 사찰이다.
대웅전에는 옛 용산사지에서 출토된 경상남도 유형문화재 제138호인 『함양 용산사지석조여래입상(咸陽 龍山寺址石造如來立像)』이 있으며 인근에는 천연기념물 제154호로 지정되어 있는 국가지정문화재 '함양상림'이 있다.